在女性绝经以后，巧克力囊肿可能会有缩小的情况，但这是因人而异的，并不一定所有患者都有缩小的现象。女性朋友绝经之后，卵巢功能便会有所减弱，不能分泌足量的雌激素，因此巧克力囊肿可能会缩小。
对于巧克力囊肿这种疾病，应该及时的治疗。而具体的治疗方法，要根据疾病情来决定。要是囊肿小于8cm的话，就可以进行保守治疗，也就是患者通过药物来进行治疗，这就可以让囊肿缩小至完全消失。
如果巧克力囊肿比较严重，超过了8cm时，或者是囊肿生长速度比较快的话，患者就需要进行手术了，这可以将囊肿直接切除掉。有很多女性朋友都很惧怕做手术，其实现在进行巧克力囊肿切除术，都会使用宫腔镜，这是目前很先进的手术方法，对于患者的伤害很小，而且在手术以后恢复的也很快。